離子色譜柱是離子色譜系統的心臟，只有性能優良的色譜柱才能達到良好的分離效果，這對色譜柱材料，填充料(交換樹脂)、柱尺寸、裝柱技術等均有一定的要求。柱兩端均有微孔篩板以防試料或洗脫液中的細微顆粒進入柱中，影響柱中樹脂的滲透性。
Hamilton 離子排斥色譜柱的活化操作，以常見的C18反相分析柱為例，出廠時一般都封裝有甲醇或乙腈等有機溶劑。隨著時間的推移，色譜柱內的有機溶劑緩慢揮發，色譜柱內可能出現氣泡。因此，新購買的色譜柱在使用前一般都要進行活化操作。
下面以常見的4.6mmX150mm,5μm粒徑的C18反相分析柱為例：
1.在活化色譜柱前，應先用相關試劑沖洗液相系統的流路，確保無污染物殘留。切換至封柱試劑(一般為甲醇或乙腈)，置換流路內的試劑。
2.停泵，將分析柱的進液口連上系統，移除出液口的堵頭，出液口不連上系統。傾斜放置色譜柱，使其出液口高于入液口。
3.以0.1ml/min的流速沖洗色譜柱約5分鐘，切換至0.2ml/min的流速繼續沖洗。觀察色譜柱出液口，若連續出液，停泵，將色譜柱出液口接入液相系統。
4.以0.1ml/min的流速沖洗色譜柱，5分鐘內將流速平穩提升至0.5ml/min繼續沖洗色譜柱。
5.以0.5ml/min的流速沖洗色譜柱，期間觀察壓力與基線是否平穩，直到沖洗的總流量達到30個柱體積。
6.活化完成：對于久置不用的類似型號色譜柱，再次使用前也可參考上述步驟進行活化。
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