色譜柱是高效液相色譜的核心部件。它主要起到了分離作用。色譜柱同樣也是一個消耗品，在流動相沖刷的過程和樣品在分析的過程，填料損失和污染使得色譜柱的性能慢慢下降。因此，在使用時應注意維護和保養：
1.高效液相色譜柱的維護：
我們在使用新的色譜柱應該在我們自己的液相色譜儀上進行性能測試，即使用色譜柱附帶的檢驗報告上測試條件和樣品來測定該色譜柱的柱效。并且，在以后的使用中，應時常對色譜柱進行測試。而且在使用的過程中常常有堵塞的現象，造成這種現象的主要原因是
①溶劑中的不溶物
②樣品中的不溶物
③泵進樣器等中的不溶物
④柱內不溶物的形成等
如果當色譜柱堵塞以后我們可以對色譜柱進行修復，首先，使用含鹽緩沖液后(如離子對試劑)應用溶解性強的溶劑(如水)進行沖洗。其次，先斷開檢測器，然后用對來自樣品中的物質有強溶解性的溶劑進行沖洗，對于反相色譜柱，可使用甲醇、乙睛、四氫呋喃、氯仿、庚烷等，在此條件下，應避免溶劑的pH低于2或高于8。最后如果經過上述還是沒有修復，色譜柱壓力還是沒有下降，則要斷開檢測器，將色譜柱反方向放置，然后檢查柱壓，若壓力穩定下降，則保持色譜柱反方向連接，用低于0.5ml/min流速沖洗一小時。如果壓力不下降，則要看內置過濾器是否被堵塞，如果被堵塞應沖洗或更換，若進口端的填料發生堵塞，柱子將不可能被*恢復，只能通過去掉進口端的部分填料，重新填充進行有限的柱效恢復。而且修復的厚度是2-5mm
2.高效液相色譜柱的保養：
色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是最佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。我們在對色譜柱使用前進行測試以后，我們要根據不同的情況對色譜柱進行保養：
①反相色譜柱每天實驗后的保養：使用緩沖液或含鹽的流動相，實驗完成后應用10%的甲醇/水沖洗30分鐘，洗掉色譜柱中的鹽，再用甲醇沖洗30分鐘。注意：不能用純水沖洗柱子，應該在水中加入10%的甲醇，防止將填料沖塌陷。
②長期保存色譜柱：如色譜柱要長時間保存，必須存于合適的溶劑下。對于反相柱可以儲存于純甲醇或乙腈中，正相柱可以儲存于嚴格脫水后的純正己烷中，離子交換柱可以儲存于水(含防腐劑*或柳硫汞)中，并將購買新色譜柱時附送的堵頭堵上。儲存的溫度最好是室溫。
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